Đang tải... (xem toàn văn)
Phân tích tính đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa
Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆPĐề tài: “Phân tích tính đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa (Dalbergia tonkinensis) bằng chỉ thị RAPD và ISSR” Giáo viên hướng dẫn: PGS.TS Vũ Đình Hòa TS. Đinh Thị Phòng Sinh viên thực hiện: Nguyễn Thị Vân Anh Lớp: CNSH K51 Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU NỘI DUNG CHÍNH PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ Cây gỗ Sưa (Dalbergia tonkinensis) thuộc chi Dalbergia, họ đậu (Fabaceae). Ghi nhận trong Danh lục đỏ Việt Nam và được Chính phủ Việt Nam quy định trong nhóm IA của Nghị định 32/2006/NĐ-CP là loài đặc biệt quý hiếm, có nguy cơ đe doạ tuyệt chủng. Cây Sưa đang bị khai thác quá mức vì vậy việc bảo tồn cây này đang là việc làm cấp thiết. Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ Trước đây, việc đánh giá đa dạng di truyền các loài cây gỗ thường sử dụng chỉ thị hình thái. Tuy nhiên, độ chính xác không cao nên có nhiều hạn chế. Ngày nay, Công nghệ Sinh học đã khắc phục được những nhược điểm của chỉ thị hình thái và đưa ra hoàng loạt các chỉ thị phân tử: (RFLP, AFLP, RAPD, ISSR …) để đánh giá đa dạng di truyền. Chỉ thị RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) và ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) tương đối đơn giản, dễ thực hiện nên được sử dụng phổ biến và rộng rãi. Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ “Phân tích đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa (Dalbergia tonkinensis) bằng chỉ thị RAPD và chỉ thị ISSR” Mục đích: Xem xét, đánh giá mối quan hệ di truyền giữa các giống trong tập đoàn cây gỗ Sưa Làm cơ sở cho công tác bảo tồn và tái tạo nguồn gen quý hiếm này. Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo luận khóa luận nghiệp - 2010 Hình 1.1: Hình ảnh về cây gỗ Sưa Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo luận khóa luận nghiệp - 2010 PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU1. Vật liệu thực vật 35 mẫu lá cây gỗ Sưa do phòng Sinh học thuộc Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam cung cấp. bảng 2.1 2. Các chỉ thị sử dụng trong nghiên cứu 17 chỉ thị (7 chỉ thị RAPD và 10 chỉ thị ISSR).A. Vật liệu nghiên cứu Stt Kí hiệuĐịa điểm thu thập Stt Kí hiệuĐịa điểm thu thập1 Dt1 Công viên Thủ Lệ - Hà Nội 19 Dt19 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội2 Dt2 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 20 Dt20 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội3 Dt3 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 21 Dt21 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội4 Dt4 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 22 Dt22 Viện đo lường-Hoàng Quốc Việt-Hà Nội5 Dt5 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 23 Dt23 Mỹ Đình-Cầu Giấy-Hà Nội6 Dt6 Đồng Xa-Từ Liêm-Hà Nội 24 Dt24 Công viên Bách Thảo-Hà Nội7 Dt7 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 25 Dt25 Công viên Bách Thảo-Hà Nội8 Dt8 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 26 Dt26 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng9 Dt9 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 27 Dt27 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng10 Dt10 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 28 Dt28 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng11 Dt11 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 29 Dt29 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng12 Dt12 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 30 Dt30 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng13 Dt13 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 31 Dt31 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng14 Dt14 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 32 Dt32 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng15 Dt15 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 33 Dt33 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng16 Dt16 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 34 Dt34 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng17 Dt17 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội 35 Dt35 Vườn quốc gia Phong Nha Kẻ Bàng18 Dt18 Nguyễn Văn Huyên-Cầu Giấy-Hà Nội Bảng 2.1. Bảng kí hiệu và địa điểm thu thập mẫu Bảng 2.2. Danh sách tên và trình tự nuleotide 17 chỉ thị nghiên cứuChỉ thị Tên chỉ thị Trình tự mồi Tài liệu tham khảoOPD13 GGGGTGACGAOPC19 GTTGCCAGCCOPG13 CTCTCCGCCARAPD OPN16 AAGCGACCTG Rout và cộng sự, 2003OPN05 ACTGAACGCCOPP08 ACATCGCCCAOPP19 GGGAAGGACAIS2 CAACAACAACAACAAIS3 GACAGACAGACAGACAIS5 CCGCCGCCGCCGCCGCCGIS7 GGCGGCGGCGGCGGCGGCISSR IS15 CACACACACACACACAA Mohd và cộng sự, 2009P51 GAGAGAGAGAGAGAGAAP55 ACACACACACACACACTP56 ACACACACACACACACGP61 ACACACACACACACACTGP67 ATGATGATGATGATGATG Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU B. Phương pháp nghiên cứu1. Tách chiết DNA tổng số từ lá Sưa DNA được tách chiết dựa theo quy trình CTAB của Doyle và Doyle, 1987DNA tổng số sẽ được xác định hàm lượng và độ sạch Điện di kiểm tra DNA trên gel agarose 0,9%Xác định hàm lượng và độ sạch của DNA bằng quang phổ kế [...]... hợp kết quả phân tích DNA của 35 mẫu cây gỗ Sưa bảng 3.3 Tổng số phân đoạn DNA nhân bản của 35 mẫu với 17 chỉ thị là 2246. Trong đó: Chỉ thị P55 nhân bản được nhiều phân đoạn nhất (215 phân đoạn) Chỉ thị OPG13 nhân bản được ít phân đoạn nhất (68 phân đoạn) Số lượng phân đoạn DNA được nhân bản khi phân tích với 17 chỉ thị dao động từ 60 đến 70. Trong đó, mẫu Dt22 có số phân đoạn nhân... quả trong việc sử dụng phân tích tính đa hình DNA tập đồn cây gỗ Sưa. 2. Tính đa hình DNA giữa các mẫu nghiên cứu thấp với giá trị PIC dao động từ 0 đến 0,496. 3. Hệ số tương đồng giữa các mẫu nghiên cứu cao, dao động từ 0,8 đến 0,978. Các mẫu thu thập ở Hà Nội có mối quan hệ gần gũi với nhau hơn so với các mẫu thu ở Quảng Bình. 4. Biểu đồ hình cây của 35 nghiên cứu đã phân ra làm 02 nhánh chính... 4 75 17 P67 0,471 2 1 3 66,67 Tổng 45 34 79 57 Bảng 3.2: Giá trị PIC và % phân đoạn đa hình của 35 mẫu cây gỗ Sưa phân tích với 17 chỉ thị Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội Báo cáo luận khóa luận nghiệp - 2010 PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 1. Vật liệu thực vật 35 mẫu lá cây gỗ Sưa do phòng Sinh học thuộc Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam cung cấp. bảng... và đưa ra hoàng loạt các chỉ thị phân tử: (RFLP, AFLP, RAPD, ISSR …) để đánh giá đa dạng di truyền. Chỉ thị RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) và ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) tương đối đơn giản, dễ thực hiện nên được sử dụng phổ biến và rộng rãi. STT Tên chỉ thị Giá trị PIC Phân đoạn đa hình Phân đoạn đồng hình Tổng số phân đoạn % Phân đoạn đa hình 1 OPD13 0,042 3 1 4 75 2... luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ B. Kiến nghị Tiếp tục phân tích tính đa dạng di truyền của loài cây này với số lượng chỉ thị nhiều hơn, và thu thập mẫu ở nhiều địa điểm. Các mẫu cây gỗ Sưa có hệ số tương đồng di truyền khá cao chính vì vậy cần có biện pháp, kế hoạch bảo tồn hợp lý nguồn gen cây này. ... chiết DNA tổng số từ 35 mẫu lá cây gỗ Sưa Hình 3.1: Hình ảnh DNA tổng số đại diện của 14 mẫu lá cây gỗ Sưa chạy điện trên gel agarose 0,9%. Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Chỉ thị OPP08 Hình 3.2: Sản phẩm PCR-RAPD của 35 mẫu cây. .. xu hướng tập trung vào các nhánh phụ. A. Kết luận Em xin chân thành cảm ơn! Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội Báo cáo luận khóa luận nghiệp - 2010 Hình 1.1: Hình ảnh về cây gỗ Sưa Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ Trước đây, việc đánh giá đa dạng di truyền các loài cây gỗ thường... luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ Cây gỗ Sưa (Dalbergia tonkinensis) thuộc chi Dalbergia, họ đậu (Fabaceae). Ghi nhận trong Danh lục đỏ Việt Nam và được Chính phủ Việt Nam quy định trong nhóm IA của Nghị định 32/2006/NĐ-CP là lồi đặc biệt q hiếm, có nguy cơ đe doạ tuyệt chủng. Cây Sưa đang bị khai thác quá mức vì vậy việc bảo tồn cây này đang là việc làm cấp thiết. Khoa Công... giữa 35 mẫu lá cây gỗ Sưa UPGMA WPGMA COMPLETE SINGLE SM 0,79177 0,75075 0,72431 0,70281 Dice 0,79618 0,75543 0,63540 0,71825 Jaccard 0,77621 0,75990 0,63516 0,72442 Hệ số di truyền Kiểu phân nhóm Khoa Công nghệ Sinh học - Trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội Báo cáo khóa luận tốt nghiệp - 2010 PHẦN II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU B. Phương pháp nghiên cứu 3. Phương pháp phân tích số liệu... pháp phân tích số liệu Số liệu được phân tích trong phần mềm NTSYSpc2.0 Hàm lượng thơng tin tính đa hình (Polymorphism Information Content = PIC) của mỗi chỉ thị được xách định theo công thức của Saa và Wricke (1999). PIC i = 1 - ∑P ij 2 Trong đó Pij là tần số alen thứ j của kiểu gen i được kiểm tra. Phạm vi giá trị PIC từ 0 (khơng đa hình) tới 1 (đa hình hồn tồn). Khoa Công nghệ Sinh . THẢO LUẬN Kết quả tách chiết DNA tổng số từ 35 mẫu lá cây gỗ Sưa 1Kết quả phân tích tính đa dạng DNA của 35 mẫu cây gỗ Sưa với 7 chỉ thị RAPD và 10 chỉ. BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆPĐề tài: Phân tích tính đa dạng DNA tập đoàn cây gỗ Sưa
